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Siedlungen bestehen seit der Altsteinzeit, doch die Stadt lernt in ihrem Gebiet auch Phönizier, Karthager und Römer kennen. Nach der Lethargie auf Grund der Invasion von Westgoten und Arabern kommt es zur Eroberung durch Alfonso X., der sie von Cadiz unabhängig macht und wieder besiedeln lässt. Unter der Herrschaft der Ponce de León aus dem Hause Arcos wird sie als Isla (Insel) de León bekannt. Im 15. Jahrhundert gewährt Juan II. der Familie Zuazo die Kontrolle der "Insel", die bis Ende des 16. Jhs. dauert, als sie wieder in die Hände der Ponce de León übergeht. Dank seiner Lage ist sie von großer wirtschaftlicher und militärischer Bedeutung, was die Eingliederung in die Krone und deren Pläne, die Stadt in ein wichtiges Militärzentrum zu verwandeln, begünstigt. Beispiel dafür ist im 18. Jh. der Bau der Marinewerft von "la Carraca", die Errichtung der neuen Siedlung San Carlos und die Sternwarte der Marine. 1810 beherbergt sie, auf Grund des Vorrückens der Truppen Napoleons, die Regierung und das spanische Parlament, welche ihr 1813 die Stadtrechte und den neuen Namen San Fernando verleihen.